Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt. Ils parviennent à une trêve fragile, mais de courte durée : les deux camps sont sur le point de se livrer une guerre qui décidera de l’espèce dominante sur Terre.

Ethan espérait avoir tourné une page en quittant le service actif de la Force Mission Impossible pour un poste de formateur ; pouvoir enfin mener une vie "normale", se consacrer tout entier à sa ravissante épouse, Julia...Mais lorsque Lindsey, la plus brillante recrue de l'IMF "tombe" à Berlin, Ethan se sent moralement obligé de lui porter secours. Assisté de ses fidèles coéquipiers Luther, Zhen et Declan, il infiltre le repaire du trafiquant Owen Davian et arrache la jeune femme des mains d'une quinzaine de ses sbires. Trop tard : quelques instants plus tard, une mini-capsule de magnésium explose dans la tête de Lindsey, la tuant sur le coup. Davian avait tout prévu...Pour Ethan, c'est bien plus qu'un ratage - c'est une faillite personnelle dont il lui faut au plus vite se racheter...