Avant de devenir un célèbre chevalier Jedi, et bien avant de se révéler l’âme la plus noire de la galaxie, Anakin Skywalker est un jeune esclave sur la planète Tatooine. La Force est déjà puissante en lui et il est un remarquable pilote de Podracer. Le maître Jedi Qui-Gon Jinn le découvre et entrevoit alors son immense potentiel. Pendant ce temps, l’armée de droïdes de l’insatiable Fédération du Commerce a envahi Naboo, une planète pacifique, dans le cadre d’un plan secret des Sith visant à accroître leur pouvoir. Pour défendre la reine de Naboo, Amidala, les chevaliers Jedi vont devoir affronter le redoutable Seigneur Sith, Dark Maul.

Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, la République, gouvernée par le Chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le sombre Jedi comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Le Sénat et la population intergalactique se montrent pour leur part inquiets face à l'émergence d'une telle menace.Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d'une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala, devenue sénatrice, est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Le Padawan Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones...