Avant de devenir un célèbre chevalier Jedi, et bien avant de se révéler l’âme la plus noire de la galaxie, Anakin Skywalker est un jeune esclave sur la planète Tatooine. La Force est déjà puissante en lui et il est un remarquable pilote de Podracer. Le maître Jedi Qui-Gon Jinn le découvre et entrevoit alors son immense potentiel. Pendant ce temps, l’armée de droïdes de l’insatiable Fédération du Commerce a envahi Naboo, une planète pacifique, dans le cadre d’un plan secret des Sith visant à accroître leur pouvoir. Pour défendre la reine de Naboo, Amidala, les chevaliers Jedi vont devoir affronter le redoutable Seigneur Sith, Dark Maul.

1944, dans un camp de concentration. Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère : il peut contrôler les métaux. C'est un mutant. Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population. Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents, souvent rejetés par les humains, et accueille un nouveau venu solitaire au passé mystérieux : Logan, alias Wolverine. En compagnie de Cyclope, Tornade et Jean Grey, les deux hommes forment les X-Men et vont affronter les sombres mutants ralliés à la cause de Erik Lehnsherr / Magnéto, en guerre contre l'humanité.