Il y a six mois, un terrible virus a décimé l'Angleterre et a transformé presque toute la population en monstres sanguinaires. Les forces américaines d'occupation ayant déclaré que l'infection a été définitivement vaincue, la reconstruction du pays peut maintenant commencer. Don a survécu à ces atroces événements, mais il n'a pas réussi à sauver sa femme et la culpabilité le ronge. Lorsqu'il retrouve ses enfants, Andy et Tammy, qu'il n'avait pas revus depuis la catastrophe et qui reviennent à Londres avec la première vague de réfugiés, il leur apprend la mort de leur mère. Partagés entre la joie des retrouvailles et le chagrin, tous trois tentent de se reconstruire et de reprendre une vie normale dans la ville dirigée par l'armée américaine.Pourtant, quelque part, un effroyable secret les attend. Tout n'est pas terminé...

Avant que les mutants n’aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n’étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, et travaillaient avec d’autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l’Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s’accentua, et la guerre éternelle entre la Confrérie de Magneto et les X-Men du Professeur X éclata…X-Men : le commencement nous entraîne aux origines de la saga X-Men, révélant une histoire secrète autour des événements majeurs du XXe siècle.