Nous sommes en l'an 2035. Les quelques milliers d'habitants qui restent sur notre planète sont contraints de vivre sous terre. La surface du globe est devenue inhabitable à la suite d'un virus ayant décimé 99% de la population. Les survivants mettent tous leurs espoirs dans un voyage à travers le temps pour découvrir les causes de la catastrophe et la prévenir. C'est James Cole, hanté depuis des années par une image incompréhensible, qui est désigné pour cette mission.

Un petit garçon découvre qu'il possède des pouvoirs surnaturels et qu'il n'est pas né sur Terre. Plus tard, il s'engage dans un périple afin de comprendre d'où il vient et pourquoi il a été envoyé sur notre planète. Mais il devra devenir un héros s'il veut sauver le monde de la destruction totale et incarner l'espoir pour toute l'humanité.