New York, 1933. Ann Darrow est une artiste de music-hall dont la carrière a été brisée net par la Dépression. Se retrouvant sans emploi ni ressources, la jeune femme rencontre l'audacieux explorateur-réalisateur Carl Denham et se laisse entraîner par lui dans la plus périlleuse des aventures... Ce dernier a dérobé à ses producteurs le négatif de son film inachevé. Il n'a que quelques heures pour trouver une nouvelle star et l'embarquer pour Singapour avec son scénariste, Jack Driscoll, et une équipe réduite. Objectif avoué : achever sous ces cieux lointains son génial film d'action. Mais Denham nourrit en secret une autre ambition, bien plus folle : être le premier homme à explorer la mystérieuse Skull Island et à en ramener des images. Sur cette île de légende, Denham sait que "quelque chose" l'attend, qui changera à jamais le cours de sa vie...

En 2029, un groupe d'astronautes entraîne sur la station orbitale Oberon des singes pour remplacer l'homme dans des explorations spatiales à haut risque. Suite à la réception d'étranges signaux, les astronautes envoient le chimpanzé Pericles afin d'en connaître l'origine. Toutes les communications entre le primate et la station sont subitement interrompues et le vaisseau disparaît des radars. Désobéissant à ses supérieurs, Leo Davidson embarque dans un des vaisseaux expérimentaux pour aller porter secours à Pericles. Tout comme lui, il perd le contrôle des commandes et s'écrase dans les marais d'une forêt tropicale. L'intrépide pilote voit alors un groupe d'humains affolés foncer droit sur lui, et se fait capturer par des chimpanzés parlants. Qu'est-il arrivé sur cette planète pour que des singes en viennent à dominer la race humaine ?