Il y a six mois, un terrible virus a décimé l'Angleterre et a transformé presque toute la population en monstres sanguinaires. Les forces américaines d'occupation ayant déclaré que l'infection a été définitivement vaincue, la reconstruction du pays peut maintenant commencer. Don a survécu à ces atroces événements, mais il n'a pas réussi à sauver sa femme et la culpabilité le ronge. Lorsqu'il retrouve ses enfants, Andy et Tammy, qu'il n'avait pas revus depuis la catastrophe et qui reviennent à Londres avec la première vague de réfugiés, il leur apprend la mort de leur mère. Partagés entre la joie des retrouvailles et le chagrin, tous trois tentent de se reconstruire et de reprendre une vie normale dans la ville dirigée par l'armée américaine.Pourtant, quelque part, un effroyable secret les attend. Tout n'est pas terminé...

Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre.Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l'Elu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Zion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ?L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...

Le récit de la traque d'Oussama Ben Laden par une unité des forces spéciales américaines...