Le chirurgien David Kimble mène une vie paisible jusqu'au jour où il retrouve son épouse avec le crâne fracassé et est accusé du meurtre. Pour rétablir la vérité, il doit d'abord s'évader et reprendre l'enquête de zéro, avec toute la police à ses trousses.

Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber-espace. A cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui-ci l'exhorte à aller au-delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est-ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n'est encore parvenu à en percer les defenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l'Elu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents...

Leonard Shelby ne porte que des costumes de grands couturiers et ne se déplace qu'au volant de sa Jaguar. En revanche, il habite dans des motels miteux et règle ses notes avec d'épaisses liasses de billets.Leonard n'a qu'une idée en tête : traquer l'homme qui a violé et assassiné sa femme afin de se venger. Sa recherche du meurtrier est rendue plus difficile par le fait qu'il souffre d'une forme rare et incurable d'amnésie. Bien qu'il puisse se souvenir de détails de son passé, il est incapable de savoir ce qu'il a fait dans le quart d'heure précédent, où il se trouve, où il va et pourquoi.Pour ne jamais perdre son objectif de vue, il a structuré sa vie à l'aide de fiches, de notes, de photos, de tatouages sur le corps. C'est ce qui l'aide à garder contact avec sa mission, à retenir les informations et à garder une trace, une notion de l'espace et du temps.

C'est par hasard, à la suite d'un banal accident de la circulation, que la police de Chicago retrouve la piste de Mark Roberts, recherché pour un double meurtre. Le prévenu est placé sous la garde de l'US Marshal Samuel Gerard pour être extradé par avion sur New York avec une vingtaine de prisonniers. Au cours du vol, un détenu s'empare d'une arme et tire sur Robert. Il rate son objectif et pulverise un hublot. C'est le crash. L'appareil termine sa course dans l'Ohio. Une fois l'épave évacuée, le marshal découvre que Roberts a disparu...