Sur la côte adriatique, un petit bateau de pêche repère le corps inanimé d'un homme ballotté par les flots. Des marins s'empressent de le repêcher. Portant des traces de balles dans le dos, cet homme à l'identité inconnue a miraculeusement survécu, mais il ne se souvient plus de rien. Même pas de son nom. Et encore moins des raisons pour lesquelles on a tenté de le tuer.Toutefois, un indice subsiste : de sa hanche est extraite une petite capsule holographique indiquant un numéro de compte à Zurich. L'inconnu se rend alors dans une banque suisse afin de faire la lumière sur son identité. Une fois sur place, il découvre dans un coffre-fort une malette contenant plusieurs milliers de dollars, un pistolet, un passeport au nom de Jason Bourne et six autres documents d'identité de diverses nationalités. Ce dernier s'aperçoit bientôt qu'il est suivi à la trace par une mystérieuse organisation.

Depuis deux ans, l'ex-agent / tueur à gages de la CIA Jason Bourne et sa compagne Marie ont réussi à tromper leurs poursuivants au prix d'une vigilance sans faille. Ce paisible village de Goa aurait dû être leur dernier refuge. Vain espoir. Deux ans plus tôt, Jason avait juré de se venger de quiconque le relancerait. Il tiendra parole...

Jason Bourne a longtemps été un homme sans patrie, sans passé ni mémoire. Un conditionnement physique et mental d'une extrême brutalité en avait fait une machine à tuer - l'exécuteur le plus implacable de l'histoire de la CIA. L'expérience tourna court et l'Agence décida de le sacrifier.Laissé pour mort, Jason se réfugie en Italie et entreprend une lente et périlleuse remontée dans le temps à la recherche de son identité. Après l'assassinat de sa compagne, Marie, il retrouve l'instigateur du programme Treadstone qui a fait de lui un assassin et l'a condamné à l'errance. S'estimant vengé par la mort de ce dernier, il n'aspire plus qu'à disparaître et vivre en paix. Tout semble rentré dans l'ordre : Treadstone ne serait plus qu'une page noire – une de plus - dans l'histoire de l'Agence...Mais le Département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer. La traque recommence, de Moscou à Paris, de Madrid à Londres et Tanger...