A l'aube de l'Humanité, dans le désert africain, une tribu de primates subit les assauts répétés d'une bande rivale, qui lui dispute un point d'eau. La découverte d'un monolithe noir inspire au chef des singes assiégés un geste inédit et décisif. Brandissant un os, il passe à l'attaque et massacre ses adversaires. Le premier instrument est né. En 2001, quatre millions d'années plus tard, un vaisseau spatial évolue en orbite lunaire au rythme langoureux du "Beau Danube Bleu". A son bord, le Dr. Heywood Floyd enquête secrètement sur la découverte d'un monolithe noir qui émet d'étranges signaux vers Jupiter. Dix-huit mois plus tard, les astronautes David Bowman et Frank Poole font route vers Jupiter à bord du Discovery. Les deux hommes vaquent sereinement à leurs tâches quotidiennes sous le contrôle de HAL 9000, un ordinateur exceptionnel doué d'intelligence et de parole. Cependant, HAL, sans doute plus humain que ses maîtres, commence à donner des signes d'inquiétude : à quoi rime cette mission et que risque-t-on de découvrir sur Jupiter ?

Pour Edward Wilson, seul témoin du suicide de son père et membre de la Skull and Bones Society à l'Université de Yale, l'honneur et la discrétion sont des valeurs primordiales. Ce sont ces qualités qui poussent la CIA, l'agence gouvernementale qui vient d'être créée, à le recruter.Influencé par l'ambiance paranoïaque que provoque la Guerre Froide dans toute l'agence, Wilson se montre de plus en plus suspicieux. Son pouvoir grandit, mais il a de moins en moins confiance en ceux qui l'entourent... Son obsession du travail va lui coûter cher, l'isolant chaque jour un peu plus de ses proches et de celui qu'il était...