À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces temps, des êtres se croisent et se retrouvent d’une vie à l’autre, naissant et renaissant successivement… Tandis que leurs décisions ont des conséquences sur leur parcours, dans le passé, le présent et l’avenir lointain, un tueur devient un héros et un seul acte de générosité suffit à entraîner des répercussions pendant plusieurs siècles et à provoquer une révolution. Tout, absolument tout, est lié.

Une opération secrète, menée en Corée du Nord par James Bond et deux de ses hommes, est compromise par un traître non identifié. S'ensuit une course-poursuite en hovercraft au cours de laquelle le colonel nord-coréen Moon trouve la mort et son lieutenant, Zao, est grièvement blessé. James Bond est quant à lui capturé et jeté dans une prison militaire.Après quelques mois de détention, ce dernier est libéré à l'occasion d'un échange de prisonniers organisé par Falco, le directeur de la National Security Agency. Démis de ses fonctions, l'ancien agent secret est décidé à retrouver Zao et à démasquer le traître qui a entraîné sa chute. Sa quête, riche en rebondissements, l'amènera à faire la rencontre de la belle et mystérieuse Jinx et de Gustav Graves, un mégalomaniaque propriétaire d'un somptueux palais de glace islandais et d'une arme d'une puissance insoupçonnée.

9,5 milliards de dollars, c'est la somme d'argent qu'avait mise de côté le gouvernement américain dans les années 80 au cours de l'opération antidrogue dite "Espadon". Ses fonds secrets ont été subtilisés par les hauts dirigeants du pays en vue de leur retraite. Gabriel Shear, qui dirige un groupe de mercenaires, est bien décidé à dérober cette somme astronomique. Mais il lui manque dans son équipe un génie du piratage informatique. Récemment sorti de prison, Stanley Jobson recommence sa vie sur de nouvelles bases. Il a commis un faux pas en utilisant à mauvais escient ses connaissances informatiques et n'a maintenant plus le droit d'utiliser d'ordinateur, une conséquence qu'il assume pleinement. Son expérience aura toutefois raison de sa bonne volonté : Gabriel a besoin de ses services pour pénétrer le système informatique hautement protégé de la banque, uniquement accessible de l'intérieur. Pour s'assurer la coopération de Stanley, l'espion richissime et excentrique s'engage à lui verser dix millions de dollars. Le hacker accepte, croyant prêter main forte à un simple braquage, mais la situation devient rapidement explosive.

1944, dans un camp de concentration. Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère : il peut contrôler les métaux. C'est un mutant. Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population. Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents, souvent rejetés par les humains, et accueille un nouveau venu solitaire au passé mystérieux : Logan, alias Wolverine. En compagnie de Cyclope, Tornade et Jean Grey, les deux hommes forment les X-Men et vont affronter les sombres mutants ralliés à la cause de Erik Lehnsherr / Magnéto, en guerre contre l'humanité.

Toujours considérés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu'un crime effroyable commis par l'un d'eux relance la polémique autour de l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutants, dirigé par l'ancien militaire William Stryker. Quand ce dernier lance une attaque contre l'école de mutants du Professeur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récemment évadé de sa cellule de plastique. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker, dont on dit qu'il a mené de nombreuses expériences sur les mutants, ne serait pas étranger...

Dans le chapitre final de la trilogie X-Men, les mutants affrontent un choix historique et leur plus grand combat... Un "traitement" leur permet désormais d'échapper à ce qu'ils sont. Pour la première fois, ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la défiance et la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière.Les points de vue opposés des leaders des mutants, Charles Xavier, qui prêche la tolérance, et Magneto, qui croit à la survie des plus adaptés, sont plus que jamais incompatibles et vont déclencher la plus acharnée des batailles.